Irun Gipuzkoako itsasbazterreko behe-lautadan dago, Bidasoa Behean, ibaiak sortutako alubioizko betegarriaren gainean. 42,8 kilometro karratu dauzka udalerriak eta itsas-mailaren gainetik 5m-ra dago.
Donostiako barruti judizialaren menpe dago eta hiriguneaz gainera, Behobia, Bidasoa, Meaka, Katea eta Anakako auzoak biltzen dira udalerrira.
Udalerria inguratzen duten mendien artean aipagarri dira Aiako Harria, Lehen Aroan eratutako granitozko mazizoa, Jaizkibel, Hirugarren Aroko buztinarekin osatua eta Erlaitz eta San Martzial mendiak. Mendi horietan sortzen diren errekek Bidasoa ibaian dute amaiera, eta Bidasoak, bere aldetik, Irunen eta Nafarroaren eta Lapurdiren arteko muga naturala egiten du.
